排污权初始分配要遵循哪些原则？排污权分配实际上是当代人总体上可以排放的污染量在具体使用人之间的分配，公平是其第一原则。要实现真正的公平，就应该遵循一下原则：
1、有偿原则
有偿原则是指获得排污权应当支付相应的代价。因为排污权的有偿分配是对排放污染的外部成本内部化，有利于环境问题的解决。其次，排污权有偿分配有助于实现环境公平。现实中排污权的分配不可能做到一定的平等，因此无偿的分配就是一种显而易见的不公平，而有偿分配可以在一定程度上解决这一问题。
2、支持产业政策原则
产业政策包括产业机构政策、产业组织政策和产业布局政策，是国家对经济实施宏观调控的重要手段。在一定程度上体现为对不同地区、不同产业和行业的鼓励发展或者限制发展。排污权分配对于产业政策的支持是基于共同的公共利益基础，两者存在一定程度的重合。为了实现政府公共管理的目标，支持产业政策的实施应当是排污权分配的一项基本原则。
3、效率原则
指政府进行排污权的分配要有利于企业效率的提高，以有限的排污量获得实际的经济效用。体现在以下几方面：第一是合理确定排污权分配时征收的费用。第二是排污权分配制度应当保证使用效率较高者获得排污权。第三则是排污权分配制度的运行应当具有效率。亦即以较低的成本完成排污权的公平、合理分配。
4、平等原则
公平本身意味着某种程度的平等，排污权分配的平等原则要求所有主体在环境资源分配上地位平等，都有获得排污权的平等权利。
5、尊重历史原则
之所以需要尊重历史，理由在于：一是出于对历史上既存的权利的承认和继承。在环境污染成为一个严重的社会问题之前，人类一直在利用环境资源，其中一部分排污行为已经获得正式制度的接纳而成为法律上的权利，另一部分则可能以法律之外的自然权利的状态存在。排污权分配制度作为社会制度演化的结果，应当对历史上既存的权利予以承认和继承，方能顺应社会的发展并获得自身的合法性基础。二是出于对现实需要的尊重。现有排污者通常在经营方面具有相对的优势，承认这种优势既可以提高管理的效率，又较容易获得社会的认可。
